1、成立年限不一样：军统局是1937年底创立，而机要局是1946年6月创立。
2、单位领导不一样：军统局负责人是戴笠，而机要局负责人是毛人凤。
3、全名不一样：军统局全名国民政府军事委员会调研审计局，通称军统局。而原军统局核心系统改制为以毛人凤为代表的国防部长机要局，通称机要局。
国务院令负责人全国各地保密的工作部门。1988年4月国务院令体制改革，国务院令开设保密局，为国务院部委属地管理的国家药监局，是负责全国各地保密的工作部门。其核心目标就是，提升保密战略方针、政策及现代逻辑科学研究。逐步完善各类信息保密政策法规，逐渐构建完善的信息保密法制体系；搞好全国各地保密的宏观调节、具体指导、查验、机构、融洽等相关工作，维护社会的安全性和利益，保证中国改革开放和社会主义改造事业发展的顺利开展。
