含义不同，版权不同，题材不同。
1.不同含义:旗舰店是门店的一种，授权店是指品牌授权的专卖店，是指品牌总部经营的门店或代理商开设的直营店。加盟店和授权店一样，都是品牌总部授权加盟的品牌。
2.版权:旗舰店主体是否为品牌自有。如果不是自己的，一定要有品牌的授权证明，否则就是不正规的假货。授权店也是经销商，所谓专卖店应该是零售店。而且经销商可以是授权的个人，也可以是正规企业，也可以是自己的零售店，自己就是自己的经销商。
3.主体不同:官方旗舰店是指品牌自己开的旗舰店，店铺主体是品牌的主体。授权旗舰店是指品牌授权其他公司开设的旗舰店。店铺主体和品牌主体是不一样的。
